《了望》新闻周刊了解到，目前我国东部一些经济发达省份的筹资水平明显高于中西部省份。如江苏全省平均筹资水平超过64元，其中经济发达的苏南地区筹资水平也明显高于苏北贫困地区，最高达200元。上海市2006年筹资水平达360元每人。

    筹资水平的高低差决定着参合者的受益程度，其中政府的作用至关重要。例如，江苏明确要求各地财政在部门预算中安排专项资金和留用福利彩票公益金的10%用于新农合救助。上海市除个人和政府财政资金外，村民委员会对本村农业人口也要以一定标准出资；非城镇企业由税务部门按职工年计税工资2%的集体基金缴费标准，征集资金扶持合作医疗，共同组成新农合基金。而在大多数中西部省区，目前无法达到这样的筹资水平。

    韩俊认为，近年财政收入快速增加，增加对新农合的支持力度完全可行，对经济发达地区，可在提高各级财政负担的同时，提高个人自付的比例；同时，要强化中央和省区市级政府的责任。否则，在财力层层集中的财政体制下，基层财政本来就只能勉强度日，如果提高筹资水平，财力较弱的县市更是难以承担。

    其次是“载体”服务能力较差。基层卫生机构是新农合的载体。乡镇卫生院服务能力如果不尽快得到改善，农民享受合作医疗只能是一句空话。而乡镇(村)卫生院基础设施落后、设备短缺、人员素质参差不齐，无法适应农民的就医需求，目前在我国经济欠发达省份都较为普遍。

    采访中本刊记者了解到，山西运城市平陆等地卫生院工作人员约3至4人，几乎没有什么医疗设备，技术水平低，无法开展常见病治疗工作。山西长治市沁县乡镇卫生院15年没有进过一个大中专毕业生。另据长治市卫生局新农合办负责人陈宁介绍，长治全市目前仍有近400个村是卫生所“空白村”。此外，就医不方便还影响到很多边远乡村农民参加合作医疗的积极性。

    第三是对新农合定点医疗机构的监管缺乏法律依据。在“新农合”中，定点医疗机构的规范合理治疗是关键。仍以山西为例，各级新农合办公室人员负责监管各级定点医疗机构。但对于一些医疗机构存在的不合理用药、不合理检查等违规行为，监管人员即使有发现，也不能对其依法进行处置，目前采取的办法只是对医疗机构应补偿部分不给予补偿。

    山西省卫生厅新农合办公室负责人表示，如果医院和核管人员之间发生串通行为，医院告知参合农民住院获得补偿多，连连“引导”其住院，长此以往必将造成大量的参合人员住院，并连带产生“医院挣了钱，农民不受益”的现象。但对医疗机构的违规行为应如何进行处罚，目前却没有明确的政策法规。

    第四是补偿方案有待完善，避免资金过多结余与透支。采访中发现，一些地方由于补偿方案设计尚不完善，出现新农合基金结余过多问题，而农民看病报销收益却不明显。在山西南部运城市，截至2006年10月底，全市6个试点县(市)合作医疗基金结余总额占到了总预算资金的近60%。此外，一些地方还存在慢性病补偿标准不统一的现象，如在山西运城市，平陆、河津、临猗和芮城四县对参合农民患慢性病补偿病种范围、补偿方法、补偿比例均不统一。

    采访中，有新农合工作者担心，如果一味减少参合患者的承担比例(基金补偿率提高)，基金运行可能面临较大风险，要防止补助比例过高而透支，又不能因支付比例太低而使基金沉淀太多，影响农民受益，这有待于进一步探索和完善新农合方案。受访的基层卫生部门工作人员建议，逐步形成大额医疗费用统筹补助为主、兼顾小额费用补助的模式，在做好测算的基础上，逐步降低补偿的起付线，提高补偿比例，把资金最大限度用在农民身上。