建立连锁店曾在三九的战略上占有重要地位。三九集团当时的战略是三九连锁店网络、药品经销网络、中医诊疗网络及三九健康网的“四网合一”。三九试图通过创建三九连锁药店，实现从制造型企业转向服务型企业的目标。

据一位从三九连锁脱身出来的职业经理人透露，2001年，三九集团提出在全国开设“万家药店”计划，但后来发展的态势证明，这不过是其一厢情愿，从开始就犯了“幼稚病”。2003年，三九连锁的门店定位策略又转为800－1000平方米的大卖场，但这一试验绝大多数同样以失败告终。

经营企业最关键的是人。据了解，三九连锁早期的人员大多是从三九集团、三九医药等转过来的，从书本上学了不少零售方面的知识和理论，加之又是一帮年轻人，干劲、闯劲十足，创新能力也足够，但缺少的就是实践经验，这也给经营带来了不良影响。

记者了解到，三九医药为此投资了6亿多元的资本，但是三九连锁药房并没有带来预期的效果，根据三九医药的公告，医药连锁业务与公司的长期战略发展方向不一致，且三九连锁盈利能力不佳，连年产生巨额亏损，2005年1－9月共亏损2948万元。

如今，三九1000家药店整体“打包”出售却只开出了300万元的价格，平摊到每家药店的售价仅为3000元。有业内人士称，三九医药连锁此次出售每家药店仅按照开业成本来算就亏损高达20万元左右。三九医药300万元的开价只是买入三九连锁体系的初期投入，随后的整合成本可能比这个数字大很多。

三九医药公告显示：截至2005年9月30日，三九连锁未经审计的资产总额为6．06亿元、负债总额为5．90亿元，净资产为－577万元，短期借款余额为1．65亿元。2005年1－9月份实现主营业务收入6．3亿元，净利润－2948万元。经评估，以2005年6月30日为基准日，三九连锁总资产为22373．46万元，总负债为22409．72万元，净资产为－36．26万元。

据了解，目前，“三九系”整体银行债务约在102亿元左右。其中，三九医药债务约为33亿元；三九生化（深圳交易所代码：000403）、三九发展（深圳交易所代码：600614）两公司债务合计21亿元；两家上游控股公司三九集团、深圳三九药业有限公司的债务合计逾33亿元；其余子公司辅业债务约在14亿元。