对新型农村合作医疗基金的审计调查发现，目前存在两个方面问题。

　　一些地方医疗费报销比例偏低，影响农民受益程度。造成这一现象的主要原因是，国家对合作医疗报销比例没有具体规定，中西部地区合作医疗基金规模较小，一些地方担心基金超支。一些地方对外出农民工医疗费报销限制较多，导致农民工参加合作医疗比例较低。

　　乡村卫生机构医疗条件普遍较差，农民就医质量得不到保障。抽查27个乡镇卫生院，其270台医疗设备中，75％超过规定使用年限；抽查8个乡镇卫生院，其房屋73％是危房。医护人员也严重不足。同时，一些地方尚未推行医疗卫生机构药品集中采购，导致一些合作医疗定点机构药品购销价格偏高。