那么，医药分离能否“根治”我国目前的药价虚高问题呢？重庆医药系统的业内人士指出，在现有医疗体制下，医药分离很难对药价虚高真正起到釜底抽薪的作用。一方面，医疗服务价格按扣除财政补助定价，未充分考虑到医疗行业的高风险、高技术难度等因素，整体上低估了医疗服务的价格水平；另一方面，政府对药价实行差价制度，导致药品收入成为医院的主要收入来源。 目前，绝大部分医院不具备承受医药分离的财力和能力，尤其是公立医院几乎无法脱离药品利润而生存。政府投入严重不足导致公立医疗机构不得不靠创收来弥补亏空，追求利润最大化。
有关专家指出，尽管医药分离是大势所趋，但如不打破公立医院的垄断地位，只是民营医院的小打小闹很难有所突破。而且即使有突破，也很难在公立医院推广。所以，医药分离的成败取决于公立医院的态度和行动，如果能有一些竞争力强的民营或外资医院进入市场，对公立医院的优势地位构成冲击，医药分离才可能在竞争中真正实现。
