我国医院信息化投资缺乏补偿机制，是影响医院信息化最重要、最根本和难以逾越的鸿沟。他举例子说，当初铁道部投资4亿元投资信息系统建设中，允许在每张火车票的售价可以提高一元钱，结果不到三年就收回了投资。但医院信息化与其他行业和企业不同，政府对其控制很严格，明确规定信息化的投入不能通过医疗诊金或药物价格回收。从某种意义上说，医院信息化成了一种“纯投入”。

    调查显示，我国现有3万多家医院，5万多个防疫站，在信息化上的投入大约占医疗卫生服务市场容量（4000亿元到5000亿元之间）的千分之一，这与美国医院信息系统建设的投资大约占其总投资2%～3%相比，明显不足。举个例子，在信息化投入上，美国麻省医院一年为4亿美元，而北京协和医院一年只有400万元人民币。

    目前来看，标准化缺乏还长期困扰着中国HIS建设，是制约HIS推广应用的瓶颈。李包罗表示，投入不足是HIS滞后的主要原因。据悉，虽然国家有关部门和卫生部门出台了一系列相应的规范和标准，但仍然满足不了HIS建设的需要。现在，医院各自为政的现象十分突出。由于目前尚无统一的医用软件标准作为软件开发的根据，各HIS开发公司与医院合作开发时随意性较大，直接导致各个医疗单位之间很多信息资源无法共享，有的甚至在内部都无法实现共享，造成了极大的资源浪费和重复劳动。

    据悉，在我国现阶段已建成HIS的医院中，真正被有效利用的仅为60%左右，其余的使用率不高，甚至是形同虚设，其中的主要原因之一，就是这些医院缺少专业人才。在中国医院里，进行网络维护的队伍超过20个人的属于凤毛麟角，但在美国，医院网络系统维护人员往往超过100人。