吴祈耀从一个学者的角度对创新基金的管理提出了自己的建议：“目前，创新基金管理机构必须严把审查关，由懂技术的审查人员对众多的申请项目和企业做出立项选择，以便提高基金利用的有效率。同时还要考核企业的投入产出比，以企业利税促进国家税收，使政府运转资金有效利用，形成良性循环，促进产业的发展。”

    2005年创新基金路在何方？梁桂在做重点说明时称，突出自主创新的位置，进一步加大对科技型中小企业的扶持力度。为此，要构建新的创新基金管理体系，以强化创新基金项目管理为目标，着力建成以服务企业为导向的“创新基金网络工作系统”；充分发挥地方政府的力量，大力推进地方创新基金的建立，初步建成以地方管理为着力点的全国创新基金工作体系；充分发挥创新基金的政策引导作用，吸引社会资源共同参与支持科技型中小企业技术创新，以实施“科技型中小企业成长路线图计划”为切入点，初步建成以市场化为目标的创新基金社会化协作体系。

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